SQL Server 和 MySQL 都是关系型数据库管理系统，但在许可、功能和生态系统方面存在差异。SQL Server 是 Microsoft 开发的商业产品，主要为 Windows 环境设计，但现在也支持 Linux。MySQL 最初是开源的，现在归 Oracle 所有，是跨平台的，广泛用于 Web 应用程序。最直接的区别在于成本：SQL Server 的完整功能需要付费许可，而 MySQL 提供了免费的社区版。例如，SQL Server 的企业版包含高级分析和高可用性工具，但需要支付高昂的许可费用，而 MySQL 的免费版本足以满足许多中小型项目。
从技术上讲，这两个系统使用略有不同的 SQL 方言和功能集。SQL Server 使用 Transact-SQL (T-SQL)，其中包括专有扩展，如带有错误处理 (TRY...CATCH) 的存储过程和窗口函数 (ROW_NUMBER())。MySQL 使用标准 SQL 并带有一些扩展，例如用于指定存储引擎的 IF() 函数或 ENGINE 子句。例如，在 SQL Server 中字符串连接使用 +，而 MySQL 需要 CONCAT() 函数。SQL Server 还与 Microsoft 工具（如 Power BI 和 Azure）紧密集成，而 MySQL 通常与 PHP 或基于 Linux 的技术栈搭配使用。此外，SQL Server 提供内置的报告服务 (SSRS) 和 ETL 工具 (SSIS)，这些是 MySQL 原生不具备的，需要 Tableau 或 Pentaho 等第三方解决方案。
用例通常决定了两者之间的选择。SQL Server 适用于需要高级安全性（例如，行级安全性、Always Encrypted）或以 Windows 为中心环境的企业。例如，使用 Active Directory 的公司可能更喜欢 SQL Server 进行集成身份验证。MySQL 非常适合成本敏感或专注于开源的项目，例如使用 LAMP (Linux, Apache, MySQL, PHP) 技术栈的 Web 应用程序。MySQL 还支持更多的存储引擎（InnoDB、MyISAM），以便在速度和可靠性之间取得平衡。虽然 SQL Server 在复杂的企业工作负载中表现出色，但 MySQL 的简单性和可扩展性使其成为初创公司或需要通过分片或复制实现水平扩展的应用程序的默认选择。