设计有效的文档数据库模式需要关注数据的访问方式、最小化复杂性并优化可扩展性。与关系型数据库不同，MongoDB 或 Couchbase 等文档存储优先考虑灵活的嵌套结构，而非固定的表格。关键是围绕应用程序工作流建模数据，嵌入相关信息以减少查询开销，同时避免过度复杂化。以下是三个核心最佳实践。
首先，根据访问模式构建文档。分析哪些数据经常一起读取或更新，并将它们组合到一个文档中。例如，在电子商务应用程序中，产品文档可能包含嵌套的评论、价格历史或库存详情数组，以避免多次查询。但是，要避免嵌入无限增长的数据（如日志条目），以防止文档过大。必要时，可以引用单独的集合。例如，如果订单是独立查询的，可以将用户订单拆分到一个由用户 ID 关联的单独集合中。
其次，平衡数据冗余与一致性。文档数据库通常会对数据进行非规范化处理，以提高读取性能，但这需要仔细处理更新。例如，在用户档案文档和订单文档中都复制用户姓名可以避免联接，但如果姓名发生变化，则需要在所有复制的数据上进行更新。使用数据库特性（如果支持原子事务）或应用程序级别的逻辑来维护一致性。或者，对于非关键数据，可以接受最终一致性，例如缓存定期刷新而非立即刷新的产品评分。
最后，规划模式演进。尽管文档数据库模式灵活，但添加字段或更改嵌套结构等更改仍需要提前规划。使用版本字段来管理逐步迁移，或者设计文档以通过默认应用程序逻辑容忍缺失字段。例如，向用户文档添加“subscription_tier”字段时，可以在代码中将缺失值视为“免费层级”来处理。通过分阶段测试模式更新并记录向后兼容性模式来避免破坏性更改。