开源项目通过版本控制工具、社区实践和结构化协作来处理 fork 和 merge。当开发者 fork 一个项目时，他们会创建仓库的一个独立副本，用于实验、修复 bug 或添加功能，而不会影响原始代码库。当 fork（或分支）的更改被集成回主项目时，就会发生 merge。这个过程依赖于像 GitHub 或 GitLab 这样的平台，它们提供提交 pull request (PR) 或 merge request (MR) 的工具。维护者审查这些请求，提出改进建议，并决定是否接受这些更改。例如，开发人员可能会 fork 像 React 这样的项目，修复其 fork 中的性能问题，然后提交 PR 到主仓库进行审查。
协作通过清晰的工作流程进行管理。大多数项目使用分支策略，如 GitHub Flow 或 GitFlow，来组织贡献。当打开 PR 时，通常会运行自动化测试来检查错误，维护者会评估代码质量、设计以及与项目目标的一致性。例如，Linux 内核使用一个分层模型，贡献者将补丁发送给子系统维护者，然后由他们将经过审查的更改转发给 Linus Torvalds 进行最终合并。冲突——当更改与主代码库发生冲突时——由贡献者或维护者手动解决。像 git rebase 这样的工具可以帮助 fork 与主项目保持同步，从而降低 merge 的复杂性。像 Django 这样的项目强制执行严格的编码标准，并要求在 PR 中更新文档，以确保一致性。
处理长期 fork 或分歧可能具有挑战性。如果一个 fork 发生显著分歧（例如，由于存在冲突的愿景），它可能会成为一个独立的项目，就像 Node.js 和 io.js（后来又合并回去了）的情况一样。项目通过问题跟踪器、邮件列表或社区论坛来促进透明的沟通，从而缓解此类分裂。治理模型，如民主投票（Apache 项目）或仁慈的独裁者模型（Python），也指导 merge 的决策。例如，当向 TypeScript 添加一个有争议的功能时，团队使用了 GitHub 讨论来在合并之前达成共识。明确的贡献指南和维护者的响应能力有助于平衡灵活性和稳定性，确保 fork 要么丰富主项目，要么独立发展而不分裂生态系统。