JSON 和 XML 文档数据库的主要区别在于数据结构、灵活性和应用场景。 JSON (JavaScript Object Notation) 数据库以轻量级的键值格式存储数据，该格式镜像 JavaScript 对象，而 XML (eXtensible Markup Language) 数据库使用分层的、基于标签的结构。 JSON 通常因其简单性以及与现代编程语言（如 JavaScript）的直接兼容性而受到青睐，而 XML 严格的标记系统使其适用于传统系统中复杂的数据验证和互操作性。
在结构上，JSON 将数据表示为嵌套对象和数组，使用花括号 {} 和方括号 [] 来组织键值对。 例如，JSON 中的用户配置文件可能如下所示：{"name": "Alice", "age": 30, "hobbies": ["coding", "reading"]}。 另一方面，XML 依赖于标签和属性，例如 <user><name>Alice</name><age>30</age><hobbies><hobby>coding</hobby><hobby>reading</hobby></hobbies></user>。 这使得 XML 更加冗长，但允许使用元数据（通过属性）和使用 XSD 等工具的严格模式定义。 JSON 简洁的语法降低了解析开销，而 XML 严格的结构可以确保企业环境中的一致性。
在灵活性方面，JSON 数据库擅长处理动态或非结构化数据。 例如，向 JSON 文档添加像 "location": "New York" 这样的新字段不需要任何模式更改，这使其成为敏捷开发的理想选择。 XML 数据库通常需要预定义的模式来验证数据类型和关系，这会减慢开发速度，但可以确保数据完整性。 MongoDB (JSON) 和 BaseX (XML) 等工具突出了这种差异：MongoDB 的无模式设计适用于快速变化的应用程序，而 BaseX 对 XQuery 和 XPath 的支持则满足了金融或医疗保健等受监管行业中的复杂查询。
性能和生态系统集成也有所不同。 JSON 紧凑的格式以及与 Web API（例如，REST）的本机兼容性使其能够更快地解析和通过网络传输。 现代框架（如 Node.js 和 React）无缝集成 JSON，而 XML 通常需要库（例如，Java 的 JAXB）进行解析。 但是，XML 仍然扎根于需要命名空间、文档转换（通过 XSLT）或 SOAP 等行业标准等高级功能的系统中。 在它们之间进行选择取决于项目的需求：JSON 适合速度和简单性，XML 适合验证和传统集成。