SaaS 平台通过集成第三方支付处理器和订阅管理系统来处理支付。这些系统自动执行周期性账单，安全地处理交易，并管理客户支付数据。开发者通常通过 API 将他们的 SaaS 应用程序连接到 Stripe、PayPal 或 Braintree 等服务。例如，当用户订阅时，平台会收集支付详细信息（信用卡、ACH 等）并将其发送给处理器。处理器验证支付方式，处理加密，并返回一个令牌以供未来交易使用。订阅逻辑（如按月与按年计费）通过处理器的 API 或中间件层（如 Chargebee）进行管理。失败的支付会自动使用预定义的规则进行重试，并且程序化地生成发票。
安全和合规性至关重要。SaaS 平台避免直接存储敏感支付数据，而是依赖于支付处理器提供的令牌化。例如，Stripe.js 在浏览器中安全地收集卡详细信息，并返回一个令牌，供 SaaS 后端用于后续收费。这种方法最大限度地减少了 PCI DSS 合规范围。平台还处理多币种和税费计算。Stripe 和 Adyen 支持动态货币转换，而 Avalara 等税务服务可根据用户的位置自动计算增值税或销售税。开发人员必须确保支付流程符合区域法规（例如，欧洲的 GDPR）并提供清晰的收据。
除了处理支付之外，SaaS 平台还实施催收管理以恢复失败的支付。Stripe 的自动电子邮件提醒等工具会通知用户支付问题，并提示更新支付方式。分析仪表板跟踪每月经常性收入 (MRR) 和客户流失率等指标，通常与 Metabase 或 Looker 等工具集成。对于测试，开发人员使用支付处理器提供的沙箱环境来模拟交易，而无需移动真实资金。例如，Stripe 的测试模式允许验证过期卡或 3D 安全身份验证流程等边缘情况。Webhooks 配置为将支付事件（例如，成功的收费、取消）与应用程序的数据库同步，从而确保用户访问或计费周期的实时更新。