文档数据库通过版本控制、冲突解决策略和应用层逻辑来处理分布式系统中的冲突。当分布式数据库中的多个节点独立更新同一文档时，由于更改未立即同步，因此会发生冲突。文档数据库通常使用向量时钟、时间戳或应用程序定义的规则等机制来检测和解决这些冲突。例如，数据库可能会跟踪每个文档的版本号，并在发生同步时标记冲突的版本。解决过程可以是自动的（例如，“后写入优先”），也可以委派给应用程序进行自定义处理。
一种常见的方法是 **基于版本的冲突检测**。像 Apache CouchDB 这样的系统使用修订 ID（序列号和哈希的组合）来跟踪文档更改。当文档更新时，修订 ID 会更改。如果两个节点独立修改同一个文档，数据库会在复制过程中识别出冲突的修订。冲突的版本会被保留，直到被解决，可以由系统（例如，选择最新的时间戳）或由应用程序解决。另一个例子是 MongoDB，它在其 oplog（操作日志）中使用时间戳和逻辑时钟来排序更改。但是，在多文档事务或分区场景中，冲突可能仍然需要人工干预，例如应用程序定义的合并逻辑。
为了解决冲突，数据库通常提供 **应用程序级别的钩子**。例如，CouchDB 允许开发人员编写一个冲突解决器函数，该函数检查冲突的版本并以编程方式合并它们。类似地，Amazon DynamoDB 提供有条件写入，其中只有当文档的当前状态与预期标准匹配时，更新才会成功，从而减少意外覆盖。在分布式系统中，最终一致性模型意味着冲突是不可避免的，但像 CRDT（无冲突复制数据类型）这样的策略也可以有所帮助。例如，文档中的计数器可以设计为 CRDT，允许多个节点递增并合并而不会发生冲突。最终，选择取决于数据库的设计以及应用程序对一致性和可用性的要求。